Harran Üniversitesi, 03 Temmuz 1992 tarihli ve 3837 sayılı Kanun’un 25. maddesi ile 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu’na eklenen Ek 6. madde uyarınca,11/07/1992 tarih ve 21281 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak kurulmuştur. Üniversitemiz; Fen-Edebiyat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ile 1988 yılında kurulan Gaziantep Üniversitesine bağlı Şanlıurfa İlahiyat Fakültesi ve 1978 yılında kurulan Dicle Üniversitesine bağlı Şanlıurfa Ziraat Fakültesi’nin adları ve bağlantıları değiştirilerek, Rektörlüğe bağlanmasıyla oluşturulan İlahiyat Fakültesi ve Ziraat Fakültesi’nden; 1976 yılında kurulan Gaziantep Üniversitesine bağlı Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu ile Dicle Üniversitesine bağlı Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu’nun birleştirilerek ve bağlantılarının değiştirilerek Rektörlüğe bağlanmasıyla oluşturulan Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu’ndan; Harran Üniversitesi Rektörlüğe bağlı olarak Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü ile oluşmuştur. Harran Üniversitesi, adını Mezopotamya’nın önemli bilim merkezlerinden biri olan tarihî Harran şehrinden almaktadır. Kuruluşundan 2024 sonuna kadar üniversitemiz, 14 Fakülte, 3 Yüksekokul, 1 Konservatuvar, 14 Meslek Yüksekokulu, 3 Enstitü ve 15 Uygulama ve Araştırma Merkezi ile eğitim-öğretim, araştırmageliştirme ve toplumsal katkı faaliyetlerini ilgili mevzuatlar çerçevesinde sürdürmektedir. Harran Üniversitesi İnşaat Mühendisliği üniversitemizin kurulan ilk bölümlerinden olup, kökleri 1984 yılına dayanmaktadır.
Harran Üniversitesi, 14.09.2023 tarihli ve 2023/23 sayılı Senato Kararı ile kuruluş tarihini 1992’den 744’e değiştirerek kadim eğitim-öğretim kültürüne vurgu yapmaktadır. Dönemin astronomi, felsefe, doğa bilimleri ve tıp eserlerinin klasik dünyanın bilgisine kattığı Harran Üniversitesi, tarihteki ilk multidisipliner üniversitelerden biridir. 744 yılında Harran'da kurulan ve daha sonra "Harran Üniversitesi" olarak bilinen medrese, bu dönemde bilim, matematik, astronomi ve tıp alanlarında önemli çalışmalar yapmış bir merkezdi. Bu medrese, Orta Çağ'da bilimsel araştırmaların yapıldığı önemli eğitim kurumlarından biri olarak kabuledilir. Günümüzdeki Harran Üniversitesi, bu tarihi mirasa dayanarak eğitim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir ve çok sayıda fakülte, yüksekokul ve enstitüye sahiptir. Modern üniversite, akademik kadrosuyla bölgedeki önemlieğitim kurumlarından biri olarak öne çıkmaktadır.